Le fonctionnement du MJS est marqué par une grande décentralisation. Les fédérations sont très libres pour organiser leurs activités et peuvent lancer des campagnes locales. La structure de base du mouvement, le Groupe, dispose également d’une large autonomie.

Enfin, une organisation de jeunesse évolue, se renouvelle constamment et a donc des besoins propres, des rythmes spécifiques. Elle nécessite des règles souples : les réunions sont ouvertes à tous ceux qui veulent débattre, l'engagement se choisit à la carte ; les militants s’engagent autant qu’ils le souhaitent.

Au niveau local : le Groupe

La structure de base et d'action du Mouvement des Jeunes Socialistes est le groupe, il est défini par une aire géographique dessiné par le collectif fédéral. Seule l'assemblée générale du groupe est souveraine pour désigner les responsables de groupe.

A l’échelon départemental : la Fédération

Après chaque congrès ordinaire du MJS est convoquée une assemblée générale élective réunissant tous les adhérents du département. Cette assemblée détermine l'orientation et les projets d'actions du MJS au niveau départemental, exprimés dans un programme d’action fédéral soumis au débat et au vote des adhérents.

L'exécutif départemental du MJS est le Collectif Fédéral élu par l'AG élective. Les responsables de groupe y siègent de droit à titre consultatif.

Le Collectif Fédéral élit en son sein un Animateur Fédéral qui siège dans les différentes instances locales du PS pour y représenter le MJS.

Le Bureau National (BN) et le secrétariat (SBN)

Le congrès se réunit tous les deux ans, détermine les orientations du MJS pour les deux ans a venir au travers d’un texte d’orientation. Le congrès élit également le Président du mouvement qui soumet aux voix des délégués la liste des membres du Bureau National. Le BN comprend environ 35 membres et se réunit en moyenne une fois par mois. Il est seul habilité à s'exprimer au nom du MJS. Il désigne en son sein son secrétariat, le SBN, qui est chargé de mettre en oeuvre au quotidien l'action du MJS : suivi et coordination des actions des fédérations, organisation et mise en oeuvre des campagnes, trésorerie, relations internationales, formation…